Pipeline Name Released Released after tools master = release JSON Schema Dev activity DSL2 nf-test nf-test in dev Wikis Issues Merge commits Rebase merging Squash merges Default branch Branch in manifest Keywords Description Repo URL Team access Branches exist Branch protection: master branch Branch protection: dev T push Plugins: nf-validation Plugins: nf-schema Plugins: nf-prov
airrflow ?
ampliseq ?
atacseq ?
bacass ?
bactmap ? ? ?
bamtofastq ?
cageseq ?
callingcards ?
chipseq ?
circdna ?
clipseq ?
coproid ?
crisprseq ?
cutandrun ?
demo ?
demultiplex ?
denovotranscript
detaxizer ?
diaproteomics ?
differentialabundance ?
drugresponseeval ?
dualrnaseq ?
eager ?
epitopeprediction ?
fastqrepair
fastquorum ?
fetchngs ?
funcscan
genomeassembler ?
hgtseq ?
hic ?
hicar ?
hlatyping ?
imcyto ?
isoseq ?
kmermaid ?
mag
marsseq ?
metaboigniter ?
metapep ?
metatdenovo
methylseq
mhcquant ?
mnaseseq ?
molkart
multiplesequencealign
nanoseq ?
nanostring
nascent ?
oncoanalyser ?
pacvar ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
pairgenomealign
pangenome
pgdb ?
phaseimpute ?
phyloplace
pixelator
proteinfamilies
proteinfold ?
proteomicslfq ?
rangeland
raredisease
readsimulator ?
references ?
reportho ?
riboseq
rnafusion ?
rnaseq ?
rnasplice ?
rnavar ?
sarek ?
scnanoseq ?
scrnaseq
slamseq ?
smrnaseq ?
taxprofiler
variantbenchmarking
viralintegration ?
viralrecon ?
deepvariant ?
neutronstar ? ?
quantms ?
circrna ?
createpanelrefs ?
createtaxdb ?
datasync ?
deepmodeloptim ? ? ? ? ? ?
drop ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
evexplorer ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
genomeannotator ?
genomeqc ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
genomeskim ?
gwas ?
lncpipe
lsmquant ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
magmap ?
mcmicro ?
meerpipe ? ?
methylarray ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
methylong ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
mitodetect ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
omicsgenetraitassociation ? ? ? ? ? ?
pathogensurveillance ? ? ? ?
phageannotator ?
proteinannotator ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
radseq ? ? ? ? ? ?
rnadnavar ?
sammyseq ?
scdownstream ?
seqinspector ?
spatialvi ?
spatialxe ? ? ?
spinningjenny ? ? ?
stableexpression ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
tbanalyzer ? ? ?
tfactivity ?
troughgraph ?
tumourevo ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
variantcatalogue ?
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denovohybrid ?
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