Pipeline health
Check GitHub settings for all nf-core pipelines
Pipeline Name | Released | Released after tools | master /main = release | JSON Schema | Dev activity | DSL2 | nf-test | nf-test in dev | Wikis | Issues | Merge commits | Rebase merging | Squash merges | Default branch | Branch in manifest | Keywords | Description | Repo URL | Team access | Branches exist | Branch protection: master /main branch | Branch protection: dev | T push | Plugins: nf-validation | Plugins: nf-schema | Plugins: nf-prov | ||||||||||||||||||
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airrflow | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ampliseq | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
atacseq | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
bacass | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
bactmap | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
bamtofastq | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cageseq | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
callingcards | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chipseq | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
circdna | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
clipseq | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coproid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
createtaxdb | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
crisprseq | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cutandrun | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
demo | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
demultiplex | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
denovotranscript | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
detaxizer | ? | ? | ? | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
diaproteomics | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
differentialabundance | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
drugresponseeval | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
dualrnaseq | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
eager | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
epitopeprediction | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
fastqrepair | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
fastquorum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
fetchngs | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
funcscan | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
genomeassembler | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hgtseq | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hic | ? | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hicar | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hlatyping | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
imcyto | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
isoseq | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
kmermaid | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mag | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
marsseq | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
metaboigniter | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
metapep | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
metatdenovo | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
methylong | ? | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
methylseq | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mhcquant | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mnaseseq | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
molkart | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
multiplesequencealign | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
nanoseq | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
nanostring | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
nascent | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
oncoanalyser | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pacvar | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pairgenomealign | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pangenome | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pgdb | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phaseimpute | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloplace | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pixelator | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
proteinfamilies | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
proteinfold | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
proteomicslfq | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rangeland | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
raredisease | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
readsimulator | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
references | ? | ? | ? | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
reportho | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
riboseq | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rnafusion | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rnaseq | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rnasplice | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rnavar | ? | ? | ? | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
sarek | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
scnanoseq | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
scrnaseq | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
slamseq | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
smrnaseq | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
taxprofiler | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
variantbenchmarking | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
viralintegration | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
viralrecon | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
deepvariant | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
neutronstar | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
quantms | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
abotyper | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cellpainting | ? | ? | ? | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
circrna | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
createpanelrefs | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
datasync | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
deepmodeloptim | ? | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
diseasemodulediscovery | ? | ? | ? | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
drop | ? | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
evexplorer | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
genomeannotator | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
genomeqc | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
genomeskim | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gwas | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
lncpipe | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
lsmquant | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
magmap | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mcmicro | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
meerpipe | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
methylarray | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
mitodetect | ? | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
omicsgenetraitassociation | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pathogensurveillance | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phageannotator | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
proteinannotator | ? | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
radseq | ? | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ribomsqc | ? | ? | ? | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rnadnavar | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
sammyseq | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
scdownstream | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seqinspector | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
spatialvi | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
spatialxe | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
spinningjenny | ? | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
stableexpression | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
tbanalyzer | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
tfactivity | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
troughgraph | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
tumourevo | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
variantcatalogue | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
vipr | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
ssds | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
smartseq2 | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
scflow | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
liverctanalysis | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
exoseq | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
denovohybrid | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
ddamsproteomics | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
crisprvar | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? |