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Pipeline Name	Released	Released after tools	`master`/`main` = release	JSON Schema	Dev activity	DSL2	nf-test	nf-test in dev	Wikis	Issues	Merge commits	Rebase merging	Squash merges	Default branch	Branch in manifest	Keywords	Description	Repo URL	Team access		Branches exist			Branch protection: `master`/`main` branch					Branch protection: `dev`					Plugins: nf-validation		Plugins: nf-schema		Plugins: nf-core-utils		Plugins: nf-co2footprint		Plugins: nf-prov		Params block
airrflow
ampliseq
atacseq															?
bacass
bactmap
bamtofastq
cageseq															?														?	?	?	?	?
callingcards															?
chipseq															?
circdna															?
clipseq															?
coproid
createpanelrefs
createtaxdb
crisprseq															?
cutandrun															?
demo
demultiplex																												?					?
denovotranscript
detaxizer
diaproteomics															?
differentialabundance
drop																												?					?
drugresponseeval
dualrnaseq															?
eager															?
epitopeprediction
fastqrepair
fastquorum
fetchngs															?
funcscan
genomeassembler
hadge																												?					?
hgtseq															?
hic															?													?					?
hicar															?
hlatyping
imcyto															?
isoseq															?
kmermaid															?
longraredisease																												?		?	?	?	?
lsmquant																												?					?
mag
magmap
marsseq															?
mcmicro
metaboigniter															?
metapep															?
metatdenovo
methylong															?													?					?
methylseq
mhcquant
mnaseseq															?
molkart
multiplesequencealign
nanoseq															?
nanostring
nascent																																	?
oncoanalyser
pacvar																												?					?
pairgenomealign
pangenome
pathogensurveillance
phaseimpute
phyloplace
pixelator
proteinannotator																												?	?				?
proteinfamilies
proteinfold
proteogenomicsdb															?
rangeland
raredisease
readsimulator															?
references															?													?	?	?	?	?	?
reportho																								?	?	?	?	?
ribomsqc																												?	?	?	?	?	?
riboseq
rnadnavar																												?					?
rnafusion
rnaseq
rnasplice															?
rnavar
sarek																																	?
scnanoseq
scrnaseq
seqinspector
slamseq															?
smrnaseq
spatialaxe																												?					?
taxprofiler
variantbenchmarking
variantprioritization																												?					?
viralintegration															?
viralmetagenome																												?					?
viralrecon
deepvariant															?									?	?	?	?	?	?	?	?	?	?											?	?
neutronstar															?									?	?	?	?	?	?	?	?	?	?											?	?
proteomicslfq															?																													?	?
quantms															?									?	?	?	?	?	?	?	?	?	?											?	?
abotyper															?													?	?	?	?	?	?
alleleexpression															?													?	?	?	?	?	?
bacmodel																												?	?	?	?	?	?
cellpainting																												?	?	?	?	?	?
circrna															?
dartseq																												?	?	?	?	?	?
datasync															?
deepmodeloptim																												?					?
deepmutscan																												?	?				?
diseasemodulediscovery																												?	?	?	?	?	?
epigenomesegmentation																												?	?	?	?	?	?
evexplorer																												?	?	?	?	?	?
funcprofiler																												?	?	?	?	?	?
genephylomodeler																												?	?	?	?	?	?
genomeannotator															?
genomeqc															?													?	?	?	?	?	?
genomeskim															?
genomicrelatedness																												?	?				?
gwas																								?	?	?	?	?
lncpipe
meerpipe															?
methylarray															?									?	?	?	?	?	?	?	?	?	?
mitodetect																												?					?
mspepid																												?	?	?	?	?	?
ncrnannotator																												?	?	?	?	?	?
omicsgenetraitassociation															?
pacsomatic																												?					?
panoramaseq																												?					?
phageannotator															?
provenancereport															?									?					?	?	?	?	?											?
radseq															?													?					?
rarevariantburden																												?	?	?	?	?	?
sammyseq															?
scdownstream															?
seqsubmit																												?					?
sopa																												?	?	?	?	?	?
spatialvi															?
spinningjenny															?															?	?	?
stableexpression															?													?					?
tbanalyzer															?
tfactivity															?
troughgraph															?
tumourevo															?													?	?	?	?	?	?
variantcatalogue															?
vipr															?									?	?	?	?	?	?	?	?	?	?											?	?
ssds															?									?	?	?	?	?	?	?	?	?	?											?	?
smartseq2															?									?	?	?	?	?	?	?	?	?	?											?	?
scflow															?									?	?	?	?	?	?	?	?	?	?											?	?
liverctanalysis															?									?	?	?	?	?	?	?	?	?	?											?	?
exoseq															?									?	?	?	?	?	?	?	?	?	?											?	?
denovohybrid															?									?	?	?	?	?	?	?	?	?	?											?	?
ddamsproteomics															?									?	?	?	?	?	?	?	?	?	?											?	?
crisprvar															?									?	?	?	?	?	?	?	?	?	?											?	?
Total	95 (68%)	35 (25%)	69 (50%)	135 (97%)	137 (99%)	129 (93%)	100 (72%)	115 (83%)	136 (98%)	139 (100%)	136 (98%)	135 (97%)	78 (56%)	139 (100%)	54 (39%)	133 (96%)	138 (99%)	132 (95%)	139 (100%)	139 (100%)	138 (99%)	139 (100%)	137 (99%)	138 (99%)	139 (100%)	138 (99%)	137 (99%)	138 (99%)	139 (100%)	139 (100%)	137 (99%)	138 (99%)	139 (100%)	22 (16%)	10 (7%)	91 (65%)	119 (86%)	4 (3%)	6 (4%)	3 (2%)	3 (2%)	3 (2%)	4 (3%)	1 (1%)	4 (3%)

and 13 archived pipelines

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