Pipeline health
Check GitHub settings for all nf-core pipelines
Pipeline Name | Released | Released after tools | master /main = release | JSON Schema | Dev activity | DSL2 | nf-test | nf-test in dev | Wikis | Issues | Merge commits | Rebase merging | Squash merges | Default branch | Branch in manifest | Keywords | Description | Repo URL | Team access | Branches exist | Branch protection: master /main branch | Branch protection: dev | Plugins: nf-validation | Plugins: nf-schema | Plugins: nf-prov | ||||||||||||||||||
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airrflow | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ampliseq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
atacseq | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
bacass | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
bactmap | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
bamtofastq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cageseq | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
callingcards | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
chipseq | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
circdna | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
clipseq | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
coproid | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
createtaxdb | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
crisprseq | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cutandrun | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
demo | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
demultiplex | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
denovotranscript | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
detaxizer | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
diaproteomics | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
differentialabundance | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
drugresponseeval | ? | ? | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
dualrnaseq | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
eager | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
epitopeprediction | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
fastqrepair | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
fastquorum | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
fetchngs | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
funcscan | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
genomeassembler | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hgtseq | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hic | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hicar | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hlatyping | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
imcyto | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
isoseq | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
kmermaid | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mag | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
marsseq | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
metaboigniter | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
metapep | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
metatdenovo | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
methylong | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
methylseq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mhcquant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mnaseseq | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
molkart | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
multiplesequencealign | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
nanoseq | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
nanostring | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
nascent | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
oncoanalyser | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pacvar | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pairgenomealign | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pangenome | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pathogensurveillance | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pgdb | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phaseimpute | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phyloplace | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pixelator | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
proteinfamilies | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
proteinfold | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
proteomicslfq | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rangeland | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
raredisease | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
readsimulator | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
references | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
reportho | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
riboseq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rnafusion | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rnaseq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rnasplice | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rnavar | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
sarek | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
scnanoseq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
scrnaseq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
slamseq | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
smrnaseq | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
taxprofiler | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
variantbenchmarking | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
viralintegration | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
viralmetagenome | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
viralrecon | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
deepvariant | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
neutronstar | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
quantms | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
abotyper | ? | ? | ? | ? | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
alleleexpression | ? | ? | ? | ? | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
cellpainting | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
circrna | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
createpanelrefs | ? | ? | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
datasync | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
deepmodeloptim | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
diseasemodulediscovery | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
drop | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
evexplorer | ? | ? | ? | ? | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
genomeannotator | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
genomeqc | ? | ? | ? | ? | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
genomeskim | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gwas | ? | ? | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
lncpipe | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
lsmquant | ? | ? | ? | ? | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
magmap | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mcmicro | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
meerpipe | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
methylarray | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
mitodetect | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
omicsgenetraitassociation | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
panoramaseq | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
phageannotator | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
proteinannotator | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
radseq | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rarevariantburden | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ribomsqc | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rnadnavar | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
sammyseq | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
scdownstream | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seqinspector | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
sopa | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
spatialvi | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
spatialxe | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
spinningjenny | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
stableexpression | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
tbanalyzer | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
tfactivity | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
troughgraph | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
tumourevo | ? | ? | ? | ? | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
variantcatalogue | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
vipr | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
ssds | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
smartseq2 | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
scflow | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
liverctanalysis | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
exoseq | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
denovohybrid | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
ddamsproteomics | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
crisprvar | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? |