Pipeline health
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| Pipeline Name | Released | Released after tools | master/main = release | JSON Schema | Dev activity | DSL2 | nf-test | nf-test in dev | Wikis | Issues | Merge commits | Rebase merging | Squash merges | Default branch | Branch in manifest | Keywords | Description | Repo URL | Team access | Branches exist | Branch protection: master/main branch | Branch protection: dev | Plugins: nf-validation | Plugins: nf-schema | Plugins: nf-core-utils | Plugins: nf-co2footprint | Plugins: nf-prov | Params block | PR-comment workflow | ||||||||||||||||||
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| airrflow | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ampliseq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| atacseq | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| bacass | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| bacmodel | ? | ? | ? | ? | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| bactmap | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| bamtofastq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| cageseq | ? | ? | ? | ? | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| callingcards | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| chipseq | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| circdna | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| clipseq | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| coproid | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| createpanelrefs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| createtaxdb | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| crisprseq | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| cutandrun | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| datasync | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| demo | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| demultiplex | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| denovotranscript | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| detaxizer | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| diaproteomics | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| differentialabundance | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| drop | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| drugresponseeval | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| dualrnaseq | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| eager | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| epitopeprediction | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| fastqrepair | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| fastquorum | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| fetchngs | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| funcprofiler | ? | ? | ? | ? | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| funcscan | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| genomeassembler | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| genomeqc | ? | ? | ? | ? | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| hadge | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| hgtseq | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| hic | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| hicar | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| hlatyping | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| imcyto | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| isoseq | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| kmermaid | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| longraredisease | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| lsmquant | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mag | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| magmap | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| marsseq | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mcmicro | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| metaboigniter | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| metapep | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| metatdenovo | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| methylong | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| methylseq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mhcquant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mnaseseq | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| molkart | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| multiplesequencealign | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| nanoseq | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| nanostring | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| nascent | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| oncoanalyser | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| pacvar | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| pairgenomealign | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| pangenome | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| pathogensurveillance | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| phaseimpute | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| phyloplace | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| pixelator | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| plasmodiumdrugres | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| proteinannotator | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| proteinfamilies | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| proteinfold | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| proteogenomicsdb | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rangeland | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| raredisease | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| readsimulator | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| references | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| reportho | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ribomsqc | ? | ? | ? | ? | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| riboseq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rnadnavar | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rnafusion | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rnaseq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rnasplice | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rnastructurome | ? | ? | ? | ? | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rnavar | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| sarek | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| scnanoseq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| scrnaseq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| seqinspector | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| seqsubmit | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| slamseq | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| smrnaseq | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| sopa | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| spatialaxe | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| stableexpression | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| taxprofiler | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| tumourevo | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| variantbenchmarking | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| variantprioritization | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| viralintegration | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| viralmetagenome | ? | ? | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| viralrecon | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| deepvariant | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| neutronstar | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| proteomicslfq | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| quantms | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| abotyper | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| alleleexpression | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| captnseq | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| cellpainting | ? | ? | ? | ? | ? | ? | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| circrna | ? | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| daamicrobiome | ? | ? | ? | ? | ? | ? | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| dartseq | ? | ? | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| deepmodeloptim | ? | ? | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| deepmutscan | ? | ? | ? | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| diseasemodulediscovery | ? | ? | ? | ? | ? | ? | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| epigenomesegmentation | ? | ? | ? | ? | ? | ? | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| evexplorer | ? | ? | ? | ? | ? | ? | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| genephylomodeler | ? | ? | ? | ? | ? | ? | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| genomeskim | ? | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| genomicrelatedness | ? | ? | ? | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| gwas | ? | ? | ? | ? | ? | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| lncpipe | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| meerpipe | ? | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| methylarray | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mitodetect | ? | ? | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| moleculardynamics | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mspepid | ? | ? | ? | ? | ? | ? | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ncrnannotator | ? | ? | ? | ? | ? | ? | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| omicsgenetraitassociation | ? | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| pacsomatic | ? | ? | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| panoramaseq | ? | ? | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| pathogenepidemiology | ? | ? | ? | ? | ? | ? | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| phageannotator | ? | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| provenancereport | ? | ? | ? | ? | ? | ? | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| radseq | ? | ? | ? | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| rarevariantburden | ? | ? | ? | ? | ? | ? | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| sammyseq | ? | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| scdownstream | ? | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| spatialvi | ? | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| spinningjenny | ? | ? | ? | ? | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| taxmarker | ? | ? | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| tbanalyzer | ? | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| tfactivity | ? | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| troughgraph | ? | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| variantcatalogue | ? | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| vipr | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | - | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| ssds | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | - | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| smartseq2 | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | - | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| scflow | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | - | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| liverctanalysis | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | - | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| genomeannotator | ? | - | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| exoseq | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | - | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| denovohybrid | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | - | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| ddamsproteomics | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | - | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| crisprvar | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | ? | - | ? | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Total | 105 (72%) | 37 (26%) | 7 (5%) | 142 (98%) | 144 (99%) | 135 (93%) | 111 (77%) | 124 (86%) | 141 (97%) | 145 (100%) | 142 (98%) | 140 (97%) | 76 (52%) | 145 (100%) | 64 (44%) | 138 (95%) | 143 (99%) | 136 (94%) | 144 (99%) | 145 (100%) | 145 (100%) | 145 (100%) | 144 (99%) | 145 (100%) | 145 (100%) | 144 (99%) | 145 (100%) | 144 (99%) | 145 (100%) | 145 (100%) | 143 (99%) | 142 (98%) | 145 (100%) | 17 (12%) | 8 (6%) | 105 (72%) | 128 (88%) | 5 (3%) | 7 (5%) | 3 (2%) | 3 (2%) | 3 (2%) | 4 (3%) | 5 (3%) | 12 (8%) | 100 (69%) | 115 (79%) |